Xã Phú Tân được thành lập theo Nghị quyết số 1654/NQ-UBTVQH15 ngày 16/6/2025 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh An Giang năm 2025, trên cơ sở sắp xếp toàn bộ diện tích tự nhiên, quy mô dân số của thị trấn Phú Mỹ, xã Tân Hòa, Tân Trung và Phú Hưng. Sau khi sắp xếp, xã Phú Tân có diện tích tự nhiên 41,88 km² và quy mô dân số 71.244 người với 24 ấp. Phía đông giáp xã Tân Long – tỉnh Đồng Tháp, phía tây giáp xã Bình Thạnh Đông, phía nam giáp xã Chợ Mới, xã Nhơn Mỹ, phía bắc giáp xã Phú An. Xã mới tiếp tục đặt trụ sở tại Phú Mỹ thừa hưởng thành quả từ trung tâm kinh tế, văn hóa, chính trị của huyện cũ trước đây và kết hợp với 3 xã nông thôn mới có nền tảng phát triển tương đối cao nên xã Phú Tân có vị trí quan trọng, là trung tâm kinh tế xã hội của khu vực, có vai trò quan trọng trong phát triển vùng.
Trung tâm xã Phú Tân có vị trí quan trọng trong phát triển kinh tế – xã hội; đời sống nhân dân từng bước được cải thiện; các lĩnh vực văn hóa – xã hội, y tế, giáo dục có nhiều tiến bộ; quốc phòng – an ninh, trật tự an toàn xã hội được giữ vững, tạo nền tảng để xã phát triển toàn diện, bền vững trong thời gian tới.
